Listorti V ., Franzo G., Lupini C., Naylor C.J., Laconi A., Felice V., Drigo M., Catelli E., Cecchinato M.

Il virus della Bronchite Infettiva (IBV) è un virus a polarità positiva, a singolo filamento di RNA appartenente alla famiglia delle Coronaviridae, genere Coronavirus. Presenta un genoma di circa 27.6 Kb (5-UTR-1a/1ab-S-3a-3b-E-M-5a-5b-N-3 UTR). IBV è responsabile di gravi perdite economiche nel settore avicolo (Jackwood e de Wit, 2013) dovute a infezioni del tratto respiratorio superiore, associate anche a infezioni batteriche secondarie, e dei reni. Nei riproduttori può colpire anche l’apparato riproduttore influenzando negativamente l’ovodeposizione e la qualità delle uova prodotte.
Le strategie di controllo della malattia sono principalmente basate sul largo utilizzo della vaccinazione sebbene l’immunità indotta dai vaccini è a volte poco protettiva a causa della limitata cross-protezione esistente tra i diversi genotipi (de Wit et al., 2011; Cook et al., 2012). Infatti, il genoma virale di IBV è incline a mutazioni puntiformi (sostituzioni, inserzioni e delezioni) e a più estensivi fenomeni di ricombinazione, che risultano nell’origine di un gran numero di varianti di IBV (Thor et al., 2011; Jackwood et al., 2012).
Dal 1996 la presenza di un nuovo genotipo del virus di IBV, denominato Q1, è stata evidenziata in Cina (Yu et al., 2001), ed è stato riportato per la prima volta in Italia nel 2011, associato ad un aumento di mortalità preceduto da sintomatologia respiratoria, casi di nefrite e proventricolite (Toffan et al., 2011; Toffan et al., 2013).
Nel 2013, durante un focolaio di malattia respiratoria in un allevamento di broiler localizzato in nord Italia, è stata nuovamente riscontrata la circolazione di un ceppo  genotipizzato, sulla base del sequenziamento della regione ipervariabile del gene S1, come Q1-like.
Il virus è stato quindi isolato e denominato γCoV/Ck/Italy/I2022/13, in accordo con la nomenclatura proposta recentemente per IBV (Ducatez et al., 2014).
Nel presente lavoro, l’intero genoma è stato sequenziato e comparato con 130 sequenze di genoma completo di IBV e Turkey Coronavirus (TCoV), scaricate da ViPR. Per identificare eventuali eventi di ricombinazine è stata eseguita un’analisi con l’utilizzo del software SimPlot sull’intero genoma. In aggiunta, la relazione fra il ceppo γCoV/Ck/Italy/I2022/13 e altri stipiti isolati a livello mondiale è stata valutata in modo più approfondito confrontandola, tramite un’analisi filogenetica, con il più ampio database di sequenze complete del gene S1. Infine, sono state discusse le ipotesi sull’origine di questo isolato.